在汉密尔顿看来，建立一个中央银行迫在眉睫。事实上，不久之后他就真正成为了美国银行界的权威。尽管当时他对于银行业的了解并不多，也仅仅局限于历史的学习以及自己对于其他国家该行业管理方法的借鉴罢了。但这些知识却让他深信一点，那就是”设立中央银行，而该银行完全隶属于一个依照宪法设立的中央政府，不仅可以在国家处于良好形势时锦上添花，还会在国家处于紧急状态时雪中送炭”。国会通过发行债券和纸币来为战争筹资。而债券的发行情况既要受到国民爱国心驱使下的认购热情及外国人对美国战事的预期的影响，又要受到作为信用支持的资产数量的限制。否则就可能带来恶性的通货膨胀，如果出现这种情况的话，就会让国民本不富裕的生活雪上加霜，而这同发行债券的初衷是相悖的。
但中央银行的设立会让上述的问题迎刃而解，它可以以金银这些资产作为信用支持的银行券的形式进行信贷业务，而这些中央银行发行的银行券是可以起到一国货币职能的。汉密尔顿认为银行家做事要比政客们慎重周到，尽管他并不把银行制度成败的”宝”压在这些银行家们身上。银行家一般做不出一些”过头”的事情来，因为为了自己的利益，他们非常注重时刻保持资产的流动性。中央银行就是为了这个国家的利益而设立的，关系国家的未来——这也是汉密尔顿设立新银行制度所秉持的重要一点。而当时的情况是，每个人都不想持有国债，因为这些国债在他们眼皮底下贬值了。对此汉密尔顿认为：中央银行的作用就是吞进吐出这些债券，保持这些债券信用的唯一方法就是使它们尽快成为债券市场构成的全部或一部分，尽快升值，并让一部分人成为既得利益者，分享国债带来的利益，这样就有人愿意为这些国债埋单了。
显然美国没有对汉密尔顿提出的政府机构改革的事情做好充分的准备，当然也包括银行方面的改革。因为整个国家都投入到战争中去了，根本无暇顾及其他事情。在美国取得萨拉托加战役大捷后法国政府参与了进来，但这时却发生了一件令美国人沮丧的一件事，那就是本尼迪克特·阿诺德（BenedictArnold）将军叛变了。当这件事被传开的时候，汉密尔顿组织了一次同阿诺德的妻子和华盛顿之间的见面，其间阿诺德的妻子也带去了她那年幼的孩子。后来汉密尔顿在写给妻子伊丽莎白·斯凯勒的信中这样描述当时的阿诺德夫人：”这是我见到的最令人悲伤的一幕，她是一位温柔的妻子、慈爱的母亲。她的外表和行为使我们确信她是无辜的，对丈夫的事情事前是一无所知的。”［10］
但后来的种种事情表明阿诺德夫人在揣测别人的想法方面比汉密尔顿要厉害得多，她欺骗了所有的人，因为从一开始她就参与到了丈夫的计划之中。汉密尔顿遇到了尴尬，看来他也有看人走眼的时候，再后来他同华盛顿之间就起了一些摩擦。汉密尔顿尽管崇拜华盛顿，但不会刻意地去迎合他。这并不难以理解，因为华盛顿就是一个出了名的冷淡的人。有件事让汉密尔顿感觉很不舒服，他不满足于仅仅做一名抄抄写写的文职人员，当看到别人都能立战功时这种感觉就尤其明显。1781年在给岳父的一封信中他这样谈及与华盛顿之间的关系：”在过去的3年里，我已经不觉得同他之间有什么友谊了，尽管我从没流露出这一点。”-11]在这封信中他还提及了自己已经不再为华盛顿做事。
辞职一事显得很仓促，起因只是汉密尔顿一次开会迟到而已。”汉密尔顿上校，你让我足足等了十分钟。我必须告诉你，先生，你这样做是对我的极大不尊敬。”汉密尔顿转述华盛顿当时说的话。说实话，汉密尔顿早就不想干了，只是苦于没有理由，这次他终于找到了借口。”我没有反驳什么，只是说出了我的想法。对不起，先生，我不是故意的。但是既然你对我这么不客气，我们还是分道扬镳吧。”后来华盛顿想要和好，但汉密尔顿却不干。他对一位朋友说：”总统先生亲自安排了一次约谈，但我拒绝了。我敢以自己的信誉向你保证，总统先生总有一天会发现我是不可或缺的，他要为一时的过失付出终生的代价。”-12]