就在梅里特、杜威弹冠相庆、邀功请赏的同时，阿吉纳尔多悄悄地把部队撤到马尼拉以北一个名叫马洛洛的山区小镇。在这里，他召集各方代表，召开了一个制宪会议，制订了菲律宾的第一部共和国宪法。1899年1月23日，菲律宾共和国正式成立，阿吉纳尔多理所当然地当选为第一任总统。
他在就职演说中说：“从今以后，1月23日将成为菲律宾的国庆日。”他还庄严地宣布，“菲律宾人民今后将生活在菲律宾共和国的民主政府之下，摆脱任何外国的统治。”
与此同时，阿吉纳尔多还派出代表，分赴伦敦、巴黎、马德里、香港和美国各地，联合各种势力，奔走呼号，争取舆论同情为自由而斗争的菲律宾人民。
然而，在美国政府面前，菲律宾人的任何理想和努力只能是一厢情愿。本来，迫于菲律宾人和来自国内“反帝国主义”分子们的巨大压力，梅里特和杜威向华盛顿请示方略，满腹狐疑地询问道：“政府是否要采取一切措施，使这些土著人臣服于美国的权威？”麦金利总统当即毫不迟疑地答复道：“起义分子必须承认美国的权威；你们可以按照自己的主意，采取任何必要的手段实现上述目的。”
有了这柄“尚方宝剑”，杜威等人心领神会，暗自窃喜，马上撕下面具，毫无顾忌地向昔日并肩作战的盟友举起了血腥的屠刀。
1898年10月，杜威指挥海军突然袭击了菲律宾人的小舰队，并下令封锁中国与菲律宾的海上交通，从而切断了菲律宾革命军赖以生存的外援渠道。阿吉纳尔多虽函电交驰，据理交涉，多次提出强烈抗议，但杜威却装聋作哑，不予理睬。
1899年2月4日夜，美国陆军又在杜威的海军分舰队和帕西格河上炮艇的火力支援下，发起突然进攻，强行占领了马尼拉城外围全部战壕，打死打伤了几百名菲律宾战士。至此，阿吉纳尔多已是忍无可忍，愤然于2月5日宣布对美作战。他在告全国人民书中说：“昨夜9点，我接到来自卡龙坎车站的电报，报告美军既无理由又无任何警告，向我圣胡安营地和马尼拉四周守卫仓库的部队进行了袭击，造成了不少伤亡。由于敌人的这种侵略行为，我军已不得不进行防卫性还击。我对双方作战表示遗憾。但我是问心无愧的，因为我一直在尽我的力量来保持我军同美军的友谊，尽管我们已受了若干屈辱并牺牲了若干权利。但是，装出一副朋友和救世主脸孔的人存心要接西班牙的衣钵来统治我们，他们对我们的民族尊严和菲律宾军队的荣誉进行了侮辱。我有无可逃避的责任要捍卫这种尊严和这种荣誉，不能使其遭受任何污辱。由于这种完全出于我们预料之外的挑衅，为了荣誉，为了对祖国的爱，为了保卫祖国，我谨宣布：菲律宾军队和美国占领军之间的和平友好关系已告结束，美国占领军从今天起将被作为我们的敌人对待。”历时3年的美菲战争从此正式打响。
战争初期，美国占领军凭借他们人数和装备上的优势，处处得手，仗仗告捷，神气活现，不可一世。梅里特的继任者奥蒂斯将军被这暂时的胜利冲昏了头脑，得意洋洋地打电报给华盛顿说：不出3个月，我一定可以解决军事问题。麦金利总统闻之大喜，信以为真，遂放慢了征召志愿部队赴菲增援的进程。
孰料，就在奥蒂斯发出这份忘乎所以的电报后没几天，阿吉纳尔多手下一支英勇善战的特遣队乘敌不备，悄悄地摸进了马尼拉市。当晚9时，他们在城内多处同时动手，四下纵火。趁美军一片混乱之时，他们干净利索地消灭了一个美军前哨站，然后又迅速撤退，安然出城。
这场来无影、去无踪的突然袭击，着实令美国人吓了一大跳，一时间，他们谈虎色变，人人自危，再也不敢小视菲军了。
奥蒂斯的态度也来了个一百八十度的大转弯，马上拍电报给华盛顿要求速派援军。
3月初，援军到达马尼拉，美军这才壮起胆子，进攻马洛洛。而菲军在给敌人重创之后，主动放弃了这个小镇，全军转移至圣伊德罗。