麦克阿瑟看准了这一时机，立即着手实施更为强硬的政策。
在一次次残酷的围剿之后，起义军的活动空间越来越狭小，处境也越来越困难。阿吉纳尔多率领他的指挥部东躲西藏，饥寒交迫，几无藏身之所，日有性命之忧。1901年3月，麦克阿瑟手下的劳斯顿将军在几个菲律宾民族败类的配合下，突施奇兵，里应外合，终于抓获了阿吉纳尔多。
一个月后，心力交瘁的阿吉纳尔多在麦克阿瑟的百般威胁利诱下，被迫发表了一份声明，表示接受美国的统治并号召他的爱国同胞结束抵抗。
此举标志着菲律宾第一共和国从此退下了历史舞台。
但是，各地菲律宾游击队并没有立刻放下武器。尤其是活动在八打雁省的马尔达尔的部队和另一支出没于萨马的卢克班的部队，仍然高擎义旗，坚持抵抗，不时地给占领军以沉重打击。恼羞成怒的麦克阿瑟决定不惜一切手段，尽快剿除这两支起义军。
一场罕见的大屠杀开始了。
受命“荡平”萨马岛的史密斯将军咬牙切齿地要求他的部下：“我希望你们去杀、去烧，你杀的人越多我就越满意。我想把所有能够佩带武器、敌视美国的人统统杀死！”没过多久，岛上所有的成年男女被杀戮殆尽，所有的农舍、庄稼均化为灰烬。
另一个负责平定八打雁的美军指挥官贝尔，在创造烧杀抢掠纪录方面同样不甘人后，他口口声声地宣称：“无辜者必然也会受罪，这是战争不可避免的后果。”他手下的美军所过之处，无不白骨如山，血流盈野，村村户户变成了惨不忍睹的无人世界。
至于屠杀中的种种暴行，更是骇人听闻，举不胜举。
《纽约邮报》的一位记者在报道了美军严刑拷打、杀人放火、强奸妇女等等令人发指的暴行之后，接着写道：如果我在上面所说的那些酷刑是18层地狱的话，那么水刑可以说是19层地狱。被抓到的土人被按在地上，他的四肢被紧紧捆住，头朝天，以便灌水。想闭嘴是不可能的，因为有竹筷通鼻孔，使你无法闭嘴。现在，灌水开始了，可怜的人要做挣扎，但这是徒然的。一加仑是不少了，但接着是第二加仑、第三加仑。这时，受刑人的身子简直是爆破了，但估计不对，因为接着又来了第四加仑，第五加仑。这时，身子已不成其为身子。在这种情况下，说话当然已不可能。于是，开始了放水。如果幸运，放水可以自然进行。但大多是使用压力的。一个士兵对我说：‘我们就踩在他身上，使放水的速度得以加快。’这位士兵在描述这个动作时还哈哈大笑，得意非凡。试问，天底下难道还有比这更为残忍的吗？人们势必要问，这样的刑罚使用过多少次？没有人能回答。有一个士兵对我讲，他亲眼看见过两三百次，一天有时高达20次。另外一个士兵对我说，他见过80多次。有一个军官对我说，他见过4次，但他知道的有200多次。我说的这一切的确不太美丽，但它们却是实事啊！士兵安德鲁·韦尔的作证更是令人毛骨悚然：“当时，我们抓到了一个俘虏。我的同伴们把他的衣服剥了个精光。然后把他按在地上，一个士兵压住左臂，一个士兵压住右臂，一个士兵压住左腿，一个士兵压住右腿。然后另外一个士兵用刀片切开了他的脚踝，在脚踝上切开一层外皮，他把这层皮卷在一根细竹条上，然后像人们打铺盖卷儿那样向整个身子依势卷上去，剥下了一整块人皮。”就这样，靠着惨无人道的野蛮屠杀，美国占领军最终平定了菲律宾起义军的剩余势力。到1902年7月4日，因麦金利遇刺身亡而刚刚上任不久的罗斯福总统在白宫向全世界宣布：这场战争胜利地结束了。
这一建立在菲律宾人民鲜血、尸骨、眼泪和痛苦之上的所谓胜利是极不光彩的。一位美国将军直截了当地把它称之为一场“邪恶的战争”，另一位则承认美国人“在菲律宾残酷地镇压了一场比我们自己引以为荣的革命还要正义的起义运动”。
美国军队在这场战争中的所作所为，将永远被钉在历史的耻辱柱上。